As obrigações sobre o 13º salário pago pela empresa ocorrem tanto na primeira parcela quanto na segunda, sendo:

1ª parcela: A empresa é obrigada a calcular e recolher 8% de FGTS sobre o valor pago como adiantamento. Como a legislação prevê, o recolhimento do FGTS deve ser feito tanto no adiantamento por ocasião das férias durante o ano quanto pelo prazo máximo previsto (30 de novembro). 

2ª parcela: A empresa é obrigada a calcular e recolher 8% de FGTS sobre o valor pago como segunda parcela (valor integral), descontando deste, o valor do FGTS já recolhido sobre a primeira.

A empresa é obrigada ainda a recolher as contribuições previdenciárias (parte da empresa) incidentes sobre o valor integral da 2ª parcela, juntamente com o valor descontado do empregado (também sobre a parcela integral). 

O salário-maternidade pago pela empresa referente a parcela do 13º salário correspondente ao período da licença, poderá ser deduzido quando do pagamento das contribuições previdenciárias, exceto das destinadas a outras entidades e fundos. 

O valor descontado de IRRF de cada empregado deverá ser recolhido no prazo estabelecido pela legislação.